La peste bubónica reapareció en Pisagua en 1907, ocasionando cuarenta y siete defunciones. A partir del 1908 y hasta 1914 no se presentaron casos en esta localidad.
En Valparaíso fallecieron en 1907, veintisiete de los cincuenta y nueve individuos que adquirieron la epidemia.
El mismo año apareció, por primera vez, la peste bubónica en Santiago; se presentaron veintitrés casos, de los cuales fallecieron ocho, Cuando se detectó el primero, hubo gran pánico en la población y en las autoridades. Gracias a la acción combinada del Consejo Superior de Higiene y del Instituto de Higiene se logró organizar una severa campaña profiláctica. En la intendencia de Santiago funcionó una junta especial, encargada de todas las actividades preservativas; los inspectores sanitarios procedieron en forma tan rigurosa, que la prensa llegó a decir que las medidas eran dictatoriales. La ciudad fue sometida a un aseo estricto; se estableció una estación de ambulancias; se destinó el hospital San José para la hospitalización de los enfermos; el aislamiento fue inflexible; se aumentó la cantidad de desinfectorios públicos; se vacunó en forma intensiva con suero antipestoso a todos los individuos expuestos al contagio. En la capital los casos de peste bubónica no constituyen focos, sino que se presentaron diseminados por la ciudad. No hubo nuevos brotes de la epidemia en Santiago, hasta 1914, en que fallecen dos personas.
El año 1907 se presentaron en todo el país, trescientos treinta y cuatro casos fatales; de éstos, además de los ya señalados, hubo muertos a causa de la peste bubónica en Arica, Iquique, Antofagasta y Taltal.